This is a beginner-to-intermediate level, in-depth workshop for users with no prior experience using Molecular Dynamics tools. However, participants should have some experience working with the command line.
Participants will be guided through AMBER and NAMD software for preparing and performing simulations of biomolecular systems, VMD for visualizing trajectories and manipulating PDB files, and Python for analyzing and plotting simulation data.
The workshop will be conducted in four two-hour hands-on sessions over two weeks.
Schedule
- April 5, 2022, 1200-1400hrs EASTERN: Practical considerations for Molecular Dynamics
- April 7, 2022, 1200-1400hrs EASTERN: Visualizing Structures with VMD
- April 12, 2022, 1200-1400hrs EASTERN: Molecular Dynamics with AMBER and NAMD
- April 14, 2022, 1200-1400hrs EASTERN: Analyzing Molecular Dynamics Data with PYTRAJ
Sessions and lesson materiel will be in English.
Requirements
- Previous experience working with the command line (Linux).
- You need to have a laptop with a Mac, Linux or Windows operating system (not a tablet, Chromebook, etc) on which you have administrative privileges, as you will need to pre-load specific software packages.
- Participants must register using their institutional / organizational email address (not a personal email, ie. Gmail, Hotmail, Yahoo). If you do not register with an institutional email address you will not receive connection details.
Connection details will be provided the day before each session to registrants with an institutional/organizational email address.
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Formation nationale de la fédération Calcul Canada : Dynamique moléculaire
Sommaire : Cet atelier pratique est une introduction aux méthodes de simulation moléculaire
Cet atelier est de niveau débutant à intermédiaire et ne requiert aucune expérience préalable avec les outils de dynamique moléculaire. Il est cependant nécessaire de savoir utiliser la ligne de commande.
Vous aurez l’occasion de préparer et d’effectuer des simulations de systèmes biomoléculaires avec AMBER et NAMD; visualiser les trajectoires et manipuler des fichiers de banque de données sur les protéines (PDB) avec VMD; analyser et tracer des données de simulation avec Python.
Nous aurons quatre séances de deux heures, sur une période de deux semaines.
Horaire
- 5 avril 2022, de midi à 14 h (heure de l’Est), considérations pratiques
- 7 avril 2022, de midi à 14 h (heure de l’Est), visualisation des structures avec VMD
- 12 avril 2022, de midi à 14 h (heure de l’Est), AMBER et NAMD
- 14 avril 2022, de midi à 14 h (heure de l’Est), analyse des données avec PYTRAJ
Les séances et le matériel de formation seront en anglais.
Prérequis
- Connaissance de la ligne de commande sous Linux.
- Vous devez utiliser un ordinateur Windows, Linux ou macOS (et non une tablette, un Chromebook, etc.). Vous devez disposer des privilèges d’administration qui vous permettront de précharger des paquets logiciels particuliers.
- Pour vous inscrire, vous devez utiliser une adresse de courriel fournie par votre établissement d’enseignement ou votre organisation. Les adresses de courriel personnelles (par exemple Gmail) ne sont pas acceptées.
La veille de chaque séance, vous recevrez par courriel les directives pour vous joindre.
